Στη μοριακή βιολογία, το STRING (Εργαλείο αναζήτησης για την ανάκτηση αλληλεπιδρώντων γονιδίων/πρωτεϊνών) είναι μια βιολογική βάση δεδομένων και ένας πόρος ιστού γνωστών και προβλεπόμενων αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-πρωτεΐνης. … Η τελευταία έκδοση 11b περιέχει πληροφορίες για περίπου 24, 5 εκατομμύρια πρωτεΐνες από περισσότερους από 5000 οργανισμούς.
Ποιος είναι ο σκοπός της βάσης δεδομένων STRING;
Η βάση δεδομένων STRING στοχεύει να συλλέξει και να ενσωματώσει αυτές τις πληροφορίες, ενοποιώντας γνωστά και προβλεπόμενα δεδομένα πρωτεΐνης–δεδομένων συσχέτισης πρωτεΐνης για μεγάλο αριθμό οργανισμών.
Τι είναι η βαθμολογία STRING;
Στο STRING, κάθε αλληλεπίδραση πρωτεΐνης-πρωτεΐνης σχολιάζεται με μία ή περισσότερες «βαθμολογίες». Είναι σημαντικό ότι αυτές οι βαθμολογίες δεν υποδεικνύουν τη δύναμη ή την ειδικότητα της αλληλεπίδρασης. Αντίθετα, είναι δείκτες εμπιστοσύνης, δηλαδή πόσο πιθανό ο STRING κρίνει ότι μια αλληλεπίδραση είναι αληθινή, δεδομένων των διαθέσιμων στοιχείων.
Γιατί αλληλεπιδρούν οι πρωτεΐνες;
Οι αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-πρωτεΐνης (PPIs) είναι φυσικές επαφές υψηλής εξειδίκευσης που έχουν δημιουργηθεί μεταξύ δύο ή περισσότερων μορίων πρωτεΐνης ως αποτέλεσμα βιοχημικών γεγονότων που καθοδηγούνται από αλληλεπιδράσεις που περιλαμβάνουν ηλεκτροστατικές δυνάμεις, υδρογόνο δεσμός και το υδρόφοβο αποτέλεσμα.
Τι είναι η λειτουργική συσχέτιση;
ορισμός. Δυαδική σχέση μεταξύ βιολογικών οντοτήτων όταν μία από αυτές διαμορφώνει την άλλη ως προς τη λειτουργία, την έκφραση, την υποβάθμιση ή τη σταθερότητα της άλλης και τη σχέσημεταξύ των εταίρων δεν μπορεί να εξακριβωθεί ως άμεσο, επομένως υπάρχουν σιωπηρά ενδιάμεσα βήματα.
