Μοντέλα ομολογίας μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό λεπτών διαφορών μεταξύ σχετικών πρωτεϊνών που δεν έχουν λυθεί όλες δομικά . Για παράδειγμα, η μέθοδος χρησιμοποιήθηκε για τον εντοπισμό θέσεων δέσμευσης κατιόντων στη Na+/K+ ATPάση και για την πρόταση υποθέσεων σχετικά με τη συγγένεια δέσμευσης διαφορετικών ΑΤΡασών.
Γιατί χρησιμοποιούνται τα μοντέλα ομολογίας;
Η μοντελοποίηση ομολογίας είναι μία από τις υπολογιστικές μεθόδους πρόβλεψης δομής που χρησιμοποιούνται για τον προσδιορισμό της τρισδιάστατης δομής πρωτεΐνης από την αλληλουχία αμινοξέων της. Θεωρείται ότι είναι η πιο ακριβής από τις μεθόδους πρόβλεψης υπολογιστικής δομής. Αποτελείται από πολλά βήματα που είναι απλά και εύκολα στην εφαρμογή.
Τι είναι η μοντελοποίηση ομολογίας και γιατί χρειάζεται;
Η μοντελοποίηση ομολογίας αποκτά την τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης στόχου που βασίζεται στην ομοιότητα μεταξύ προτύπων και αλληλουχιών στόχου και αυτή η τεχνική αποδεικνύεται αποτελεσματική όταν πρόκειται για τη μελέτη πρωτεϊνών μεμβράνης που είναι δύσκολο να κρυσταλλωθούν όπως το GPCR καθώς παρέχει υψηλότερο βαθμό κατανόησης του …
Πώς κάνεις ένα μοντέλο ομολογίας;
υπάρχουν πολλά βήματα που εμπλέκονται στη μοντελοποίηση ομολογίας
- επιλογή προτύπου χρησιμοποιώντας την ακολουθία στόχου σας. Για το σκοπό αυτό μπορείτε να κάνετε αναζήτηση BLASTp έναντι όλων των διαθέσιμων πρωτεϊνικών δομών (PDB). …
- Στοίχιση προτύπου και αλληλουχίας στόχου. …
- Ποιότητα του μοντέλου σας. …
- Βελτίωσητου μοντέλου σας αναλόγως.
Τι κάνει ένα καλό μοντέλο ομολογίας;
Αν ορίσουμε ένα "υψηλά επιτυχημένο μοντέλο ομολογίας" ως ένα μοντέλο που έχει <=2 Å rmsd από την εμπειρική δομή, τότε το πρότυπο πρέπει να έχει >=60% ταυτότητα ακολουθίας με τον στόχο για επιτυχία ποσοστό >70%. Ακόμη και σε υψηλές ταυτότητες ακολουθίας (60%-95%), έως και ένα στα δέκα μοντέλα ομολογίας έχει rmsd >5 Å έναντι
