Επειδή τα DdNTP έχουν ένα μόριο υδρογόνου (-Η) αντί για μια ομάδα υδροξυλίου (-ΟΗ) συνδεδεμένη στο 3'-C της δεοξυριβόζης του, δεν μπορεί να συνδεθεί με κανένα εισερχόμενο νουκλεοτίδιο. Επομένως, μπορεί να χρησιμοποιηθεί προσθήκη DdNTP κατά την αντιγραφή του DNA για τον τερματισμό της αντίδρασης σύνθεσης.
Γιατί σταματά η σύνθεση DNA όταν ένα ddNTP ενσωματώνεται στον αναπτυσσόμενο κλώνο DNA;
Εάν το προστιθέμενο νουκλεοτίδιο είναι ένα "διδεοξυνουκλεοτίδιο" (Εικόνα 6.29), το 3' άκρο του αναπτυσσόμενου κλώνου θα έχει τώρα ένα H, αντί ένα ΟΗ. Αυτό θα αποτρέψει την προσθήκη επιπλέον νουκλεοτιδίων. δηλ., η in vitro σύνθεση DNA θα σταματήσει σε αυτό το σημείο.
Πώς ένα ddNTP τερματίζει τη σύνθεση DNA;
Όταν ένα ddNTP ενσωματώνεται σε μια αλυσίδα νουκλεοτιδίων, η σύνθεση τερματίζεται. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι το μόριο ddNTP στερείται 3' υδροξυλικής ομάδας, η οποία απαιτείται για να σχηματίσει έναν δεσμό με το επόμενο νουκλεοτίδιο στην αλυσίδα.
Γιατί τα DdNTP τερματίζουν τη διαδικασία αναπαραγωγής;
Εργαστηριακές Μέθοδοι στην Ενζυμολογία: DNA
Διδοξυνουκλεοτίδια τριφωσφορικά ενσωματώνονται εύκολα σε μια αναπτυσσόμενη αλυσίδα DNA, αλλά στερούνται την ομάδα υδροξυλίου 3' που είναι απαραίτητη για να επιτρέψει στην αλυσίδα να συνεχιστεί, και τερματίστε αποτελεσματικά τον πολυμερισμό.
Γιατί τα διδεοξυνουκλεοτίδια προκαλούν τη διακοπή της αντιγραφής του DNA;
Αυτά τα ddNTP στερούνται μιας ομάδας 3'-ΟΗ που απαιτείται για το σχηματισμό ενός φωσφοδιεστερικού δεσμού μεταξύ δύονουκλεοτίδια, με αποτέλεσμα η επέκταση του κλώνου DNA να σταματήσει όταν προστεθεί ένα ddNTP.
