Μέθοδοι που βασίζονται στη σύλληψη της διαμόρφωσης χρωμοσωμάτων (3C) αποκαλύπτουν την οργάνωση των χρωμοσωμάτων εντός του πυρήνα προσδιορίζοντας τη φυσική εγγύτητα των ζευγών σημείων κατά μήκος της χρωματίνης. Διατηρούν τις αλληλεπιδράσεις της χρωματίνης με διασταυρούμενη σύνδεση που ακολουθείται από κατακερματισμό, απολίνωση και αλληλούχιση των αλληλεπιδρώντων περιοχών.
Πώς λειτουργεί η σύλληψη της διαμόρφωσης των χρωμοσωμάτων;
Σύλληψη διαμόρφωσης χρωμοσωμάτων σε τσιπ (4C) καταγράφει τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ ενός τόπου και όλων των άλλων γονιδιωματικών τόπων. Περιλαμβάνει ένα δεύτερο στάδιο απολίνωσης, για τη δημιουργία αυτοκυκλοποιημένων θραυσμάτων DNA, τα οποία χρησιμοποιούνται για την εκτέλεση αντίστροφης PCR. … Σε μία μόνο μικροσυστοιχία, μπορούν να αναλυθούν περίπου ένα εκατομμύριο αλληλεπιδράσεις.
Τι είναι η σύλληψη της διαμόρφωσης της χρωματίνης;
Η σύλληψη διαμόρφωσης χρωματίνης (3C) είναι μια σημαντική τεχνική που χρησιμοποιείται για τη μελέτη της δομής της χρωματίνης, καθώς και η βάση για πολλές άλλες τεχνικές παραγώγων. … Το πρωτόκολλο περιλαμβάνει διασταυρούμενη σύνδεση με φορμαλδεΰδη των κυττάρων που ακολουθείται από απομόνωση χρωματίνης και πέψη με ένα ένζυμο περιορισμού.
Πώς λειτουργεί η αλληλουχία Hi-C;
Η προσέγγιση Hi-C επεκτείνει την 3C-Seq για να χαρτογραφήσει τις επαφές χρωματίνης σε όλο το γονιδίωμα και έχει επίσης εφαρμοστεί στη μελέτη των in situ αλληλεπιδράσεων χρωματίνης. Σε αυτή τη μέθοδο, τα σύμπλοκα DNA-πρωτεΐνης διασυνδέονται με φορμαλδεΰδη. Το δείγμα κατακερματίζεται και το DNA εκχυλίζεται, απολινώνεται και χωνεύεται με ένζυμα περιορισμού.
Τι είναι η τεχνική Hi-C;
Η κλασική τεχνική Hi-C περιλαμβάνει πέψη περιορισμού ενός γονιδιώματος διασυνδεδεμένου με φορμαλδεΰδη με περιοριστικά ένζυμα ειδικά για την αλληλουχία, ακολουθούμενη από πλήρωση και επιδιόρθωση των χωνευμένων άκρων με την ενσωμάτωση νουκλεοτίδια που συνδέονται με βιοτίνη. Στη συνέχεια, τα επισκευασμένα άκρα επανασυνδέονται.
